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가장 좋은 예후를 보이는 간 절제술의 경우, 5년 생존율이 평균 50~60% 정도이나 환자의 간 기능 정도와 치료 전 병기에 따라 생존 기간의 큰 차이를 보입니다. 따라서 간암 환자의 예후를 정확히 예측하기 위해서는 암의 진행 정도와 아울러 간 기능이 얼마나 보존되어 있는지를 동시에 평가해야 합니다.
간암 치료에 있어 가장 큰 문제점은 간암 환자 대부분에게 동반되는 간경변증 때문에 간 기능이 현격히 저하되어 있다는 점으로 이 경우 수술 등의 근치적 치료법을 적용하기 어렵습니다. 또한, 간경변증의 합병증 유무는 성공률에 미치는 영향이 큽니다. 실제 간 절제술의 대상이 되는 환자는 전체 간암 환자의 10~20% 수준에 불과하며, 수술 후 한 해에 약 10~30% 정도의 높은 재발률을 보인다는 문제점이 있습니다. 간 절제술이 어려운 경우 간 이식을 고려해보지만 간을 제공하고자 하는 공여자가 부족하여 아직 보편적인 치료법으로는 자리잡지 못하고 있으며, 간 이식에 소요되는 비용부담이 크다는 것 또한 간 이식을 통한 간암치료의 장애가 되고있습니다. 그러나 최근 부분 간 이식의 성공 등 간 이식의 여건이 개선되고 있어 앞으로 간암의 치료에 더 활용될 전망입니다.
수술적 치료법이 여의치 않은 경우 경동맥화학색전술, 알코올 주입법, 고주파열 치료법 등의 국소적으로 암조직을 파괴하는 치료법 등이 있습니다. 이런 방법들도 조기에 발견된 작은 간암일 경우 수술에 견줄만한 치료 효과를 거두고 있습니다. 최근 연구에서 경동맥화학색전술로써 수술이 불가능한 간암 환자들의 생존기간 연장이 확인 되었습니다.